抵禦傳染病向是人類生存的永恆課題。史語所遷至李莊後，就曾因當地天花疫情嚴重，於民國三十一年三月九日張貼公告，請同仁及眷屬於到醫務室接種牛痘。但因接種的人數不多，以「如不先期預防，危險甚大」為由，再次公告於十七日開放種痘。此外，史語所與同濟大學因同在李莊，也多次與其衛生組合作，或請其派員來所接種疫苗，或由本所同仁另至其指定地點接種牛痘，合作對抗當地流行的天花疫情。