史語所遷臺之後，也開始展開臺灣原住民的民族調查計劃。民國43年，本所與臺大中文系合作，在芮逸夫、楊希枚先生的主導下，在新竹五峰、苗栗南庄一帶進行賽夏族的民族調查，旨在瞭解該族與鄰族的往來關係以及文化接觸後的涵化情況。從楊希枚先生撰寫的工作報告可知，史語所的調查項目除了體質測量、攝影以外，也參與儀式、採集家譜、民族標本或透過通譯進行訪談，考察其經濟生活、社會組織與習俗信仰等面向。