1949年史語所遷抵臺灣後，暫租楊梅鐵路局貨運倉庫為所址。然而1950年代，臺海局勢緊張，楊梅倉庫因位處交通要道，恐遭轟炸，所中遂有疏遷之議。據石璋如（1902-2004）回憶，新所址的選定以安全且離臺北不遠為原則。當時的候選地點之一包括位於臺大第六宿舍後方靠山處一帶的臺大農場，可鑿山作防空洞，距離臺大也近。但從檔案館保存高去尋（1910-1991）、陳槃（1905-1999）等人致董作賓（字彥堂，1895-1963）與李濟（字濟之，1896-1979）信函可知，該地鄰近軍事要地，容易成為空襲目標。雖有防空洞設備，但圖書標本臨時搬遷不易，長期放置山洞亦有保存取用上的問題，故所中同仁以鈐章聯名致信的方式表達疑慮。或因如此，此一選址最終也未被採納。
參考資料：陳存恭、陳仲玉、任育德等，《石璋如先生訪問紀錄》（臺北：中央研究院近代史研究所，2002），頁324-325。